对于佛教的流弊，慧琳在《白黑论》中也作了尖锐的揭露。他认为，佛教为了引起人们的皈依，铺叙地狱的恐怖，使民惧其罪；又宣扬天堂的美妙，使人向往其幸福。这样的方法，不但不能引导天下之人反躬克欲，反而激发了人们贪图来生福利的欲望，实质上是以贪欲教化百姓，是不可取的。因为利竞之路一开，风俗就变得更加浇薄了，所谓佛教的信徒，只是一味地兴建寺塔，粉饰塑像，以致结党结派，或者以种种矫情的行为邀致虚誉。这样发展下去，正好走到了佛教仁济灭欲精神的反面。在这里，慧琳以切身的体会，对佛教流弊的揭露是比较能击中要害的。

　　总之，慧琳的《白黑论》，是当时儒、释融合思潮的产物，也是世俗地主阶级要求整顿佛教使它成为自己更好的统治工具的产物。文章中揭露佛教流弊的激切言论，触怒了建业教团的统治阶层，认为慧琳身为僧侣，却著论贬黜释氏，自毁其法，因而集议要将慧琳摈斥出教团，把他流放到交州(今两广和越南北方)去。幸亏宋文帝读到了这篇论文，大加赞赏，出面加以庇护，才使慧琳免受这一佛教中最重的处罚。

　　慧琳的论文在士大夫中也引起了强烈的反响。衡阳太守何承天赞成慧琳的观点，著《达性论》，阐述儒家义旨，批驳佛教的“众生”说“和生死轮回理论；宗炳和颜延之则分别著《难白黑论》和《折达性论》，与慧琳、何承天展开激烈的辩难。对于这场大论战，最高统治者宋文帝采取了两面讨好，息事宁人的态度，一面赞赏慧琳之论，一面又说宗、颜之论“明佛法汪汪，尤为名理”，“并足开奖人意”。结果这场尖锐的思想斗争又以儒、释调和而收场。

　　这场论战之后，慧琳受到宋文帝的信用，文帝之后，又为宋孝武帝“雅重”，逐渐参与权要，朝廷大事都与他商议。由是慧琳成为势焰熏天的政治和尚，宾客辐辏，门前常有车马数十辆。四方之人都来走慧琳的门路，以求得政治、经济上的利益，对慧琳的馈赠和贿赂接连不断，慧琳成为一时最有权势的人。

　　慧琳为了炫耀自己的权势，设置方筵七八处，总是宾客满堂，座无虚席。当此之时，慧琳脚穿高屐，身披貂裘，气派十分豪华。他还设立书佐负责通报启事，传递文书，就像执政宰辅一样，高高在上。会稽名士孔曾去拜访他，其时宾客济济，慧琳与他只是寒暄一番而已。事后，孔感慨地说：“慧琳简直就是黑衣宰相，我们这些衣冠儒生都成为无用之物了！”

　　慧琳的晚景，文献没有记载，不详。